雖然大量試驗(yàn)表明，在上添加微生物發(fā)酵飼料有利于提高畜禽的生長(zhǎng)性能、健康狀況和經(jīng)濟(jì)效益，具有較好的應(yīng)用價(jià)值等諸多優(yōu)點(diǎn)，但是由于我國(guó)的技術(shù)水平比較落后，存在著一系列的問題。

　　我國(guó)發(fā)酵飼料比國(guó)外發(fā)展晚，設(shè)備落后，缺乏的技術(shù)人員。目前，我國(guó)發(fā)酵飼料廠家規(guī)模比較小，沒有檢測(cè)、監(jiān)控條件，設(shè)備不完善，技術(shù)人員對(duì)發(fā)酵飼料行業(yè)的知識(shí)了解的比較少，這樣使得出來的發(fā)酵飼料存在安全隱患。由于發(fā)酵飼料廠家規(guī)模有限、資金周轉(zhuǎn)量少，某些廠家不在正規(guī)單位購(gòu)買菌種，因此用于發(fā)酵的菌種可能含有雜菌，導(dǎo)致了發(fā)酵飼料營(yíng)養(yǎng)水平低下。

　　消毒、滅菌是發(fā)酵飼料的重要環(huán)節(jié)，是決定發(fā)酵飼料成功與失敗的關(guān)鍵，但是很多廠家還沒有建立起一套完整健全的管理制度，例如倉(cāng)庫(kù)管理不當(dāng)、環(huán)境衛(wèi)生差等都會(huì)影響發(fā)酵飼料的質(zhì)量。發(fā)酵飼料廠家規(guī)模小、技術(shù)相對(duì)落后，的發(fā)酵飼料產(chǎn)品純度低、菌種較雜，動(dòng)物食用后會(huì)出現(xiàn)腹瀉等癥狀，并在飼料中增加桿菌肽鋅和金霉素等抗生素藥物的使用，大量使用生長(zhǎng)促進(jìn)劑，給畜禽產(chǎn)品帶來藥物殘留的問題。因此，就目前來看，我國(guó)的發(fā)酵飼料技術(shù)、設(shè)備、添加量和使用模式等各方面都還落后于歐美等**。